要比出真实水平，首先得有统一的 “赛场规则”。这项研究为了避免实验偏差，设计了一套极其严苛的对比方案：
a. 样本覆盖广：该研究制备了组织芯片，整合了数百个芯片点位，包含乳腺癌、结直肠癌、非小细胞肺癌等17种肿瘤样本，以及肝脏、肾脏、乳腺等16种正常组织样本，覆盖了临床绝大多数常见组织类型，使得研究结论更具普适性。
b. 实验设计准：该研究选择适配的基因panel，并取连续切片进行3个平台的检测实验，最大程度地排除干扰，只让 “技术本身” 决胜负。
c. 评估维度全：该研究从基因层面、细胞层面到组织层面，搭建多层级评估体系，不放过任何一个关键性能指标。
1. 高灵敏度：低丰度基因也能被Xenium “精准捕捉”，转录本检测量碾压
a. Xenium 平台测得的转录本中位数最高，是 CosMx 的 2.3 倍，是 MERSCOPE 的 19.9 倍。
b. Xenium 凭借 “挂锁探针 + 滚环扩增” 技术可有效放大信号，即便是低丰度基因，也可以稳定检出。
图1 各平台共有基因表达散点图
2. 高特异性：假阳性率最低，Xenium 数据可靠度拉满
a. Xenium平台以最低的假发现率，确保每一个信号都真实可靠。
b. Xenium平台凭借最高的靶向转录本比例，最大程度地去伪存真，确保数据的准确性。
图2 各平台转录本占比和假发现率统计图
3. 高准确性：Xenium 平台细胞分割精度最高，细胞类型鉴定更可靠
空间原位技术的核心目标之一，是明确 “哪个细胞表达了哪个基因”，而这依赖于精准的细胞分割。
a. 针对“密集细胞”“稀疏细胞”以及“拉长细胞”的细胞分割测试中，Xenium平台具有最高的分割精度。
b. Xenium 平台细胞类型鉴定更可靠，Xenium 数据中共表达互斥基因的“双阳性” 细胞极少，说明其能准确判断细胞边界。
图3 以精度、召回率和F1评分三个指标评估分割准确性
图4 同时表达一对互斥基因的“双阳性”细胞统计图
4. 高便捷性：Xenium 运行时间短，全片扫描不用挑
a. Xenium检测所需时间更短，操作更加简便。
b. Xenium 平台可对整张切片进行扫描成像，无需预先圈选关注区域，分析更加灵活。
在三大商用空间原位平台中，Xenium 平台凭借高灵敏度、高特异性和高准确性，且操作友好的优势碾压胜出，是当前 FFPE 样本空间转录组研究的 “不二选择”。
参考文献：Wang, H., Huang, R., Nelson, J. et al. Systematic benchmarking of imaging spatial transcriptomics platforms in FFPE tissues. Nat Commun 16, 10215 (2025).
